Kantor Imigrasi Baubau berdiri sebagai bagian dari Direktorat JBaubaural Imigrasi, di bawah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia, yang bertugas menjalankan fungsi keimigrasian di wilayah Baubau. Kehadiran Kantor Imigrasi Baubau tidak terlepas dari upaya pemerintah untuk memperkuat pengawasan, pengelolaan, dan pelayanan keimigrasian, mengingat posisi strategis Baubau sebagai wilayah paling barat Indonesia yang menjadi pintu gerbang bagi interaksi internasional.
Awalnya, pelayanan keimigrasian di Baubau dikelola melalui cabang atau kantor pelayanan kecil yang berkoordinasi langsung dengan pusat. Namun, seiring meningkatnya kebutuhan masyarakat, pemerintah memutuskan untuk mendirikan Kantor Imigrasi yang mBaubaui di wilayah ini. Kantor Imigrasi pertama di Baubau resmi beroperasi pada pertengahan abad ke-20, tepatnya setelah Indonesia merdeka, sebagai bagian dari langkah awal modernisasi sistem imigrasi nasional.
Pada awal operasinya, Kantor Imigrasi Baubau hanya menyediakan layanan dasar seperti pengurusan paspor dan pengawasan terhadap keberadaan orang asing. Namun, dengan berkembangnya teknologi dan dinamika masyarakat, kantor ini terus bertransformasi. Pelayanan keimigrasian diperluas mencakup pengelolaan visa, izin tinggal bagi warga negara asing, hingga pengawasan terhadap lalu lintas orang yang masuk dan keluar melalui pelabuhan dan bandara di Baubau.
Reorganisasi dan modernisasi yang terjadi di lingkungan Direktorat JBaubaural Imigrasi juga berdampak pada Kantor Imigrasi Baubau. Dalam beberapa dekade terakhir, kantor ini mulai menerapkan berbagai inovasi digital, seperti antrean berbasis aplikasi dan layanan daring untuk pengurusan dokumen keimigrasian. Transformasi ini didorong oleh kebutuhan untuk memberikan layanan yang lebih cepat, transparan, dan akuntabel.
Hingga saat ini, Kantor Imigrasi Baubau terus berkembang menjadi institusi yang tidak hanya melayani masyarakat, tetapi juga mendukung pengawasan terhadap keamanan nasional melalui fungsi pengelolaan keimigrasian. Sebagai garda terdepan dalam pelayanan keimigrasian di wilayah Baubau, kantor ini berperan penting dalam mendukung hubungan internasional, melayani kebutuhan masyarakat lokal, serta memastikan kepatuhan terhadap regulasi keimigrasian di wilayah hukumnya.